Quando posso emitir um CT-e Substituto?
O CT-e Substituto, ou CT-e Substituição, pode ser emitido para alterar os valores relativos a prestação do serviço de transportes de cargas ou alterar o Tomador do Serviço, desde que a base do CNPJ do novo tomador esteja relacionado em um dos papeis (tomador, remetente, destinatário, expedidor ou recebedor) do CT-e a ser substituído. Além disso o novo tomador precisa estar localizado na mesma UF do tomador original e é preciso previamente que o tomador original emita um evento de Prestação do Serviço em Desacordo para o CT-e ser substituído.
O que preciso para emitir um CT-e Substituto?
É preciso que seja emitido primeiramente um Evento de Prestação de Serviço em Desacordo no Cte original. Ele pode ser emitido pelo tomador do CT-e
NOTAS IMPORTANTES
- CT-e Substituto não pode ser CANCELADO, portanto sempre verifique se todos os dados estão corretos antes da autorização.
- CT-e Substituto não pode ter os documentos (NF-es)alterados.
- O CNPJ do emitente do CT-e Substituto deve ser o mesmo do CT-e a ser substituído, ou seja, deve ser a mesma filial.
- Para alterar valores, só emita CT-e Substituto caso os valores tenham sido acima do valor correto, caso contrario o CT-e Complemento é o mais indicado, informando apenas os valores faltantes.
- Na maioria dos casos de erros, quando o cancelamento do CT-e ainda está disponível, sempre é aconselhável e mais pratico CANCELAR o CT-e e emitir um novo.
- A autorização do CT-e de substituição deve ocorrer em até 60 dias, ou outro limite conforme critério definido pela SEFAZ (a SEFAZ Virtual deve considerar a hora local do emissor para a validação) da data de autorização do CT-e objeto substituição.
Como emitir o CT-e Substituto
Acesse Gestão de Transporte >> Expedição >> Composição de CT-e
Pesquise pelo CT-e original depois acesse Opções >> Substituto >> Substituir CT-e para gerar o CT-e Substituto
Faça as alterações necessárias no Cte, clique no botão 
para Calcular o Frete do CT-e, depois faça a sua emissão e espere a Sefaz autoriza-lo.
Quais são as mudanças no CTe de anulação?
Depois do ajuste, não é mais necessário emitir um CTe de anulação, apenas com o lançamento do evento de prestação em desacordo já é possível emitir o CTe de substituição.
Outra diferença é que será possível que uma pessoa física possa realizar o lançamento de eventos de prestação em desacordo, tornando desnecessária a declaração.
Evento de prestação de Serviço em Desacordo
Para realizar o evento de prestação de Serviço em Desacordo é necessário que o tomador do CTe (Responsável pelo pagamento do frete) realize o evento no portal nacional da SEFAZ. Após registro do evento, deve ser realizado o CTe de Substituição conforme os passos informados acima.
Para o tomador realizar o evento de prestação em Serviço em Desacordo, irá precisar:
- Acessar o site: https://dfe-portal.svrs.rs.gov.br/Cte/PrestacaoServicoDesacordo
- Possuir certificado digital
- Chave de acesso do CTe em que ele é tomador
Segue abaixo as telas do processo à ser feito:
Primeira tela informa como será feito o login no site, ou seja, utilizando o certifico digital do tomador
Segunda tela informa os dados que devem ser preenchidos para ser feito o registro no seu CTe.
Quando seu tomador finalizar o processo, você terá que emitir um CTe de Substituição e é nele que você vai corrigir o que precisa.